Актюбинская агломерация, как промышленно развитый регион, испытывает определенное воздействие на компоненты окружающей среды.
Неблагоприятная экологическая ситуация складывается из многих многолетних проблем, в числе которых загрязнение реки Илек и подземных вод бором и хромом, негативное влияние промышленного и топливно-энергетического комплекса, накопление производственных и бытовых отходов, деградация растительного и животного мира.
Южная часть территории испытывает влияние последствий Аральского кризиса. Кроме того, промышленное и сельскохозяйственное производство при несоблюдении экологических требований оказывает негативное влияние на все природные компоненты и здоровье населения.
Приоритетными направлениями в сфере охраны окружающей среды и рационального использования природных ресурсов на территории агломерации являются: